mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGGTTTGTTTTGTTTTTTTA AAGAAATGAACCAGTTCCGTGA AAAATGAAAAAGTTTTGTATAATGGTTTGTTTTGTTTTTTTATGCATATTTAAAGTGTTGTATTGTTGTGATTGTGGGTGTCCATTTTAGGATGACGCAATTACTGCGTTAAGCCATTCGCGTTGGGACGTTTCACAAGCGATTGAATATTATTCAGTTGATGAAAGAAGAAATGAACCAGTTCCGTGAT GCACGAGGGAATGAACTGTTTGTATTATTTTTATTATATAACAAATGGTGAACTTTCTTTTACATTTAAACAGTGGAAACAAGTTTTCTGAACTGAATTTTATTAAGTTTTGTTAAATTTTTTCCATCTAATTTAACAAGTAGAAATATTACAAGTAATTAATTTGTTATTCTATTTGAAAGCAAAATGAAAAAGTTTTGTATAATGGTTTGTTTTGTTTTTTTATGCATATTTAAAGTGTTGTATTGTTGTGATTGTGGGTGTCCATTTTAGGATGACGCAATTACTGCGTTAAGCCATTCGCGTTGGGACGTTTCACAAGCGATTGAATATTATTCAGTTGATGAAAGAAGAAATGAACCAGTTCCGTGAT 3 1 5' arm Trichinella_pseudospiralis mirnest 100 100 -42.8 (((((......))))).....((((.(((.(((((((((((..(((....(((....)))...))).(((((((((..(((((......))))).))))))))).(((((..((.....)).....)))))((((....(((((((((...))))))))).)))).))))))))))).)))..))))... (-42.8)