mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGGTAATTTTTGTTTTTG AAAGCTGAATTGTTGGAAGA TTTGATCAAAATAAGGAAGAGGAAAGCTGAATTGTTGGAAGAAATTGAGGTAATTTTTGTTTTTGTTTCCTTTTATACTCGTAC GCACGAGGGCATGTTGTACGTGTTGGAGCGTAGCTCACTGAAGCGAAGAATGAATAGGTGTCATGGATGATTTAACCGAAGAGGAGCGGGAGCTTTTGATCAAAATAAGGAAGAGGAAAGCTGAATTGTTGGAAGAAATTGAGGTAATTTTTGTTTTTGTTTCCTTTTATACTCGTACAAATGTTGGTGAATTTTCATTCTCTTCTTTACTTCAATATGACCTTTTATCGCATGTTTGCTGTGTTGGCGAAATTTATGATACTGAAATGAGATATTATTAAGCGAGATTTGATGTTTATTCTTTTTGCCTTCAGCGTCATAGCAATTTTCAATATGAATTTTGTAATTCTTATTGTCATATAAATTAAGCAATTCTTAAAATGTAAATGAACATTTTTCGAGTTATGTTACGTTAT 4 1 3' arm Trichinella_pseudospiralis mirnest 100 100 -13.9 ..(((.......(((((((..((((((.((((((((..((....))..))))))))..)))))).)))))))......)))... (-13.9)