mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACACACACACACACAG CCGTGGTTTGTGGTATGTG TTAATTCTCCGTGGTTTGTGGTATGTGAAGTGTCCATTTTTAATTCACTGGTTGTGAATGAATATTTACACACACACGCACACACACACACACAGATATA GCACGAGGTATTTCTCATTTAGAAGCTTTCGCTTAGACTATTACCAAAAAGTCGTATACGACTGGTGGAATCAACTTCGCTTGTGGAACAATTAGATCGACCAATTTGGTCCGCGTGGTTAATGAACGGCTGAAATTTGATTATTATTATTATTAATATTATATATATATATATATATATATATATATATATTAGTTGCCATTTTTACAGCTGTACATGCTTCTATTTATATTAATTATTGTAGATTGAGGCTATCGTTTTCTGTTTCTTTTTCTTTAATTTTTAATTCTCCGTGGTTTGTGGTATGTGAAGTGTCCATTTTTAATTCACTGGTTGTGAATGAATATTTACACACACACGCACACACACACACACAGATATATATGGAATATCTGCTGGTACAACTTCTTATAATTGCAACATCTATAATACCATCGTGTTCGTCCATCTACCTTGTGATGAGTATAGTTACATCTTAATTCTGATCATCTATAGTAATTTGCATAATTTATTTGC 4 2 3' arm Trichinella_pseudospiralis mirnest 100 100 -23.4 .....(((..(((((.((((((.((((..((((..((..((.((((((.....)))))).)).))..)))).)))).)).)))).)).)))..))).... (-23.4)