mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTGTTGATTGTCTGCTGTGC GATGCATGACGTACGTTGGGTT ATTGTTTGGTGCGATGCATGACGTACGTTGGGTTTTTTGTGGGTTTGTTTTCCTCGGGCTTCTGTTGATTGTCTGCTGTGCTTGTCTGTC TTCTAGATCTGCGAATTTAGCTGCTTAATTGTTATCTTTTGTGTCGTTTTTTTTATAAGCGTTATCGGTAAATCTTTTTGGACCAGCATTGTTTGGTGCGATGCATGACGTACGTTGGGTTTTTTGTGGGTTTGTTTTCCTCGGGCTTCTGTTGATTGTCTGCTGTGCTTGTCTGTCCTTTGCTTGGTTGGTTTTTGTATAAAGCTGAATTAAAGTGTTTGCCG 5 1 3' arm Tubifex_tubifex mirnest 100 100 -18.3 .......((.(((..(((.((((..((.((((...((((.(((.......))).))))..)))).))..)))))))..)))....))... (-18.3)