mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGATGGTGTTGTGAATCGTGC ATGATACACAACACTGTTCTG CCAATTTCAAACGATGGTGTTGTGAATCGTGCAAAGGGCAATAAAATAGACGTTTTTTTACAGAATAAACTGCTGCAGCTGCACTGAAAAGAACATTTCAGCATGGATGTGCAAGATAGTGCATCATGCATGTTGTCCAAGCTACATGATACACAACACTGTTCTGAGTGTCTT ATCGTAGTCGGAAGTTCAGCGCCAAGCACTACAAACAGAGAGCGAACTTCAACTTGTGAAGACAGAGTCCCTCATTTGTGTCAGAATGAACTGCAGCCTCACTACTGCTATATTTCTCACAATCAACGCCTGTGTTGCCAAACATGTCAAAGACTTAAACGCACACATGAACCAGACTGTCCATATGGTGACCACCACACGCGTATTGTACGTAAAGATGCTAGTGGACAAGATATGCAATATACATGCAGTGGATATGTGAGTTTCTATGGACGCGATCACTGCAGTCGTGAAGCCAATTTCAAACGATGGTGTTGTGAATCGTGCAAAGGGCAATAAAATAGACGTTTTTTTACAGAATAAACTGCTGCAGCTGCACTGAAAAGAACATTTCAGCATGGATGTGCAAGATAGTGCATCATGCATGTTGTCCAAGCTACATGATACACAACACTGTTCTGAGTGTCTTCACTCCACTGTGCTGGAGTTAATTAATCCAGTCTTTCTGGTCATTAGCACTAATTTAGCAATCAGTTGTGAGTATTATTGAGTATGTCTTACACCTACATTTTCACATAGCTTAATTATGCTGTTAAATATTAAAATGTTACCAGTATCATGTAACTATTTTATTTTAACAGTAAACTGATGTTTTAAAATATTAGATTATTAGGAATTTTTAATTTGAACTCGAAGATTATGTTGTATTAAGTAAGCT 3 0 5' arm Tubifex_tubifex mirnest 100 100 -44.2 .....((((...((((((((((((.((((((....((((((((....(((.((((((((.(((..........(((....)))))))))))))).)))..(((((.((((((......))))))))))).))))))))......)))))).)))))))))))).))))...... (-44.2)