mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAAAAATATTAAATGGGGT CATACATTTTTTGTTATTCTGTT TTTTCGATTTGCCATACATTTTTTGTTATTCTGTTGTTTTTGTTGGAGCTGGTTACTTTTGCTTATTGGAAAAATATTAAATGGGGTTTATTGCTT TTCCTTCGACTCCTATAGGGACCACTCCTCGAGGTTAATTAAGCGGCCGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAGGAAACCCGGGGGTTCTCCTAACGTGATGTTTTTCTCCCACCGAATCTCGGAAAGGAAAGTTTGTGCAGCTTTTTGCCCCCCAACATGCAGCAGGTATTCCTACACATACAGAGCCAATTTTTCACGGGCCTGAACATCTGAAGGCACCGATGAGGTTTTCGATTTGCCATACATTTTTTGTTATTCTGTTGTTTTTGTTGGAGCTGGTTACTTTTGCTTATTGGAAAAATATTAAATGGGGTTTATTGCTTGATTGGGGTGTCTGTGTGATGTTAATGTTTTCGGATTCGGAGGGTTCCACCTTCCCAAATACGGGGAAAATACACACAACTCAACGAGGTTTGTTTTCAAAACCCCCTGGCTGGCTGCTGGCAGTTGTGTGTACGTGTGTCTGTCTGTTTGCTGGGGTTGAAGATTTCGGCCAATATCTTTCACTATTTTTATTTTTTTAATTTGCGCTCACTTTATTGTGTTGTTTTTTATCCCGGGAATTCCGGACCGAAACTTGTTCTATAGTGTCACCTAAATAGGCCTAATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGTCCCGCGGCCTAAGCTAAAGTCCGGAGGCTGGATCGGTCCCGGTGTCTTCCATGGGGGGGAAAACAACGTGGATGGCGTCTCCAGGCGATCTGACGGTTCACTAAACGAGCTCTGCCTATAAAGACCTCCCACCGTACACGCCTACCGCCCATTTGCGTCAGTGGGGCGGAGTTGTTACGACATTTGGAAAGTCCCCGTTGATTTTGGTGCCAAAACAACTCCCAATGACGTCATGGGGGTGGAGACCTGGAAATCCCGTGAATCAAACCGCCGTCCACGCCCTTTGATGTACTGGCCAAACCGCATCACCATGGGTAATAGGCATGACTAAAACGTAAATGTACTGCCCAGT 4 2 3' arm Haematobia_irritans_irritans mirnest 100 100 -17.2 ....((((..(((...(((((..((((.(((((.((.....((.((((.......)))).)).)).))))).))))..))))).)))..))))... (-17.2)