mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAGTGCTGCCAGTGAAGAT TTTTACTGGTTCATTACAAT TAACGATCTTTGGGAGCCTTCTTCAGGATTTGTCTTTGTTTCGCTGGGACTGACATAGTCTGGATTTCCCATAAAGTGCTGCCAGTGAAGATCCTTCAAATATTTTTACTGGTTCATTACAATCGTGGACGATCTCTGCTATCACATCTCGAAGATTTGGAATTTCTAACATATCTCTATCAGATATGAAG GCGCGTTGAACACACAGGGGACACTCCTCGAGGTAATAAGCGGCCGCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAAACCGGCATAAAAACAGCCGCTGAACTTCTTTGCAAGGGTAAACCTAACTATGATTAAATATAATATTTTAAGGGCAATACCCCAATAAGTAAAGTTCCCTGTTAAACGGATTCTTTTTATAATGTCGGGAAATTAAAGATACATTTTACAAACCTTGGGACAAACTAAAAGTCATTGATAAATCTCTGAAAAAAAGCAAACCCCACAAAATACAACAAACAACTGAAATTTCTAAACTATTTTGAAAATTACCATTTTTGTAATATTTATAAAAAATATATAAATTTACGTTTTTAGGGAATTCCCAATATTCATGTTTACGGGATCAAAAAATGTTTCAAAAAAAAGGCGAATTCCCAAAGTGTTTGGATGCCATGCATTGCTAATTTTTCTACCCCCATGCCTTTAAAATGAAAAAAAAAAAAACTTAAATTTATTGTCCCCCCCTTATTACGGCTTTTGTTTTACAACTTTATTTGATTTCTGTTTCTTCTTCTCTATAACTTGTTTTACAGCTTCCAGTTGTTTCTCTTTTATTTTCTTAGTTAAATTTTCTTTCGGATTTCGTTTAAATTTTTCTTTTACAAGAAGTGCTTTTTTCTTAGCCTTTTCAGCTAAAGCCTTTGCAGTTTCTATGGGCATCTTTATCTTCAAAAATGTCATCATACTCCACGCCTTCATAGGCTTTCGTCGGTAATGTGGGCCTCATAGTGAACTTTTTGCTCTATTCGGTTAACGTAACGATCTTTGGGAGCCTTCTTCAGGATTTGTCTTTGTTTCGCTGGGACTGACATAGTCTGGATTTCCCATAAAGTGCTGCCAGTGAAGATCCTTCAAATATTTTTACTGGTTCATTACAATCGTGGACGATCTCTGCTATCACATCTCGAAGATTTGGAATTTCTAACATATCTCTATCAGATATGAAGTGTAACGTGATCAGAAGTGACTTTGGATGGTGGTGGTACGCATGTGCGTAAGTCTTAGTATTCCGATGAGCCATCGTCGAATTGATCATG 4 1 5' arm Haematobia_irritans_irritans mirnest 100 100 -48.4 ..........((((((.....((((((...((((...(((((...))))).))))...)))))).))))))...((((..((((((((((((.........)))))))))))).))))......(((((.....)))))..(((.((((...)))).))).........(((((((.....)))))))... (-48.4)