mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCCCTCCGTCCTAAAAT TTTAAGACGGAGAAAGTATTA ACTTCGCTTCTAGTAACAGATACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTCGTCTTAGATTTGTCTAGATATGAATATCAAGTATTTAGATACATTTATTTCTAGATAAACCTAATACAAGAATTTTAAGACGGAGAAAGTATTATATTTTATAGCAGT ACTTCGCTTCTAGTAACAGATACTCCCTCCGTCCTAAAATTCTCGTCTTAGATTTGTCTAGATATGAATATCAAGTATTTAGATACATTTATTTCTAGATAAACCTAATACAAGAATTTTAAGACGGAGAAAGTATTATATTTTATAGCAGT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-57 tae-MIR1122 0.000000000008 -47 .....(((...((((...((((((..(((((((.(((((((((.((.((((.((((((((((.(((((((((.........))))..))))).)))))))))).)))).)).))))))))).)))))))..)))))).))))....)))... (-47)