mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAATGCAATTTTTAAATGC TTTTGAATGTTGCCATACC TAAAGCAGAATAATCATTCAGCTTTTGAATGTTGCCATACCATAACTTTAATTTGTTTCTGTTAAACTGTATACCTGTTGTATGCAAGCTTTCTAGAATTCTCAGAGGTAAAATGCAATTTTTAAATGCTTTTGGTTTCTGCTATTTT GGGGCAACTGAGAAAAAATACAATGGAAAACCAGACTCTTTTACTTGTATAATTTTTAGCAATTAATTTGATTTCATACCTGTACTAGCAGCAACTCAGTGTGGGGGTGGTGGGAGGCAACATAGGATGTTTCTTCCAAAAGCAGTATTATGTAAAGCAGAATAATCATTCAGCTTTTGAATGTTGCCATACCATAACTTTAATTTGTTTCTGTTAAACTGTATACCTGTTGTATGCAAGCTTTCTAGAATTCTCAGAGGTAAAATGCAATTTTTAAATGCTTTTGGTTTCTGCTATTTTGAGAGTTCTTTCATATTAGAAAACTTTCAATTACTGTTTTCATAATCCGCTAGATCTGTTAGACTAAAGAAATACTTTATAAATATTACTCAATGGATTTTTTTTGTCTTAACGTATGTTAAAACTTTCATTTAAATGGACTAGTTTAATCTATTGAAGCTGCTTTTTAACCAGAACATTTTCAAACATCAGTGTGATTAAATAGATATTTAAAAAATATTTTTGGGATATTGAAAATGAGAACGATGAATAAAAATTCAAAAGCAATGTTTTGACTGAAATACGGTCATATTCAAAATAGGGAATATTCAAAATTAGCTGCTAATTTAAAATAAGTATTTTAAATTCCATCTCATTCTAGCAGTAATAATATAGTAGTAATTATACAGATAACTCTATGCTTTTATAATTCTGAAAAATAAGATTAGGCATAACTTGATGCGATAGGAGACATAGAGGACAGTAAATAATGACACCACCACCACTTGTTGCTAATCCTTAAGTGGGAAGGGATTGGAATAACTTCNTAAATATTGCATTAGAACTTTATACNGGGATTAATATTGCAATTTAACNGCGGAATGAAAAAGCANA 4 2 3' arm Lonchura_striata_domestica mirnest 100 100 -32.4 ...(((((((..((((...(((.((((((.(((((..((((..........((((.(((((..((.((((((((.....)))))).)).))..)))))....))))))))....))))).)))))).)))..)))))))))))..... (-32.4)