mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCTGGTTTGGGTTTGTTAG TCAGACCCAGGCTTAATCAAT TCCACTGGTGCTTCAGACCCAGGCTTAATCAATCAAGGGAAGGAAGCTCTTGTTTGGTTTATTCCAGTGCTTCTGTTGTCTGGTTTGGGTTTGTTAGTACTTGTTG GGGGGCAGCGATGGGCGCCGCCATGGGAGCCGGCCGAGCCGCGGGGCTGCTGCTGGTTGTACTAATGACGATGCCTAGAGCCCGAGCGAACTGTGGCGAGAGAGAGTACTTCCATCAAGGCCTCTGCTGTGTATTTTGTGAAGCAGGTACCTTTGTTGCTGATCACTGCAGTGCTTCACATATGAAAGGAAGATGTGATCCTTGCAAGGAAGGAAAAGGCTTTACTGCCCATGCGAACGGCTTGGAGGGATGCTTGCCTTGCAGACAGTGCAGAGAGGATCAGATAACTCTGAGATCCTGTACTCTAACACAGAATGCTGTATGCAAGTGCAAACAAGGGTATTTCTGCAATGAGGATGGCTGTGAAATATGTCAGAGAACCAGTCAAAGGTATCCGGAGAAAGAAATCCTGCTGAATTCCACTGGTGCTTCAGACCCAGGCTTAATCAATCAAGGGAAGGAAGCTCTTGTTTGGTTTATTCCAGTGCTTCTGTTGTCTGGTTTGGGTTTGTTAGTACTTGTTGCTGTTGTTGTTAAAAAGCTGAAGTGTAACAAAGCTGCCTCAACTGATAAAGATGTAGAGGGATATCTGGTCCATAAGTGGCTCAGATATGTGAAACACCCCAGGTTTTTTGTTGGGCTGTGTCTCCCCTCACGCCCTGGCCAGATTTGCAGCACTTCATCTATTTGTAGAAGCTGATGAAGAAACATGGCAAAAAACCTGGTCAACGTGCTGTAACATAGGAATAGGCAGATATGTCTTTAATTTCAATAAAATGGNTTGCNAAAATGATGCAGTTACNAATGGGTGCATGGTGGAACTTGTCTCTCATGTAANANCTGTCNCANACAGATGCAAAGTCTACCCTGGGAG 4 2 3' arm Lonchura_striata_domestica mirnest 100 100 -33.2 ...((.((((((.((((((((((((....(((((....)).((((((......((((......)))).)))))).)))...))))))))))))..)))))).)).. (-33.2)