mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTGTTTTGTGTGGTTTTTA AAAATCATAACAAACACATATA GTAAAAATGTGAAGTGAAATTTAAAATCATAACAAACACATATAAAATTAGAGATCGGGATTTTAATCACATATTGTTTTGTGTGGTTTTTATAAACGCAGCATTTGAAAT GTTCGCACTCCTTGTTGCCATGACAACGGCTGTCGACCTGACGATGAAAGACTGCGGAAGTTCCGCCGAAGTAACCAGGGCATTCAGCGATGATTGTAAAGATGCAGTCTGCAAACTCAAGAAAGGTAGCACCTATCAGATTAACATCTCCTTCAAACCGAAGTCCACGGTCAGTGGTTTGAAAGCTTCTCTTGCCGGTGTTATTGCTGGCATCCCCATACCATTCCCCCTTCCGGAATCGGACGGTTGTGTAGCTTGTGGAAACACGTGCCCCATCACTGCCGGTACTGAGGTCACCTTTTCCGAGGCCCTGAAAGTTGAGAATTCCTACCCTGCCCTGAGACTCGTGTCTCGGTGGAAACTCGACACGGCTGATGGTCACGTGCTATGTGTTGAGATTCCCGTTGTTATTGTCAGTTAGAGTGGACGTGCAAAGTAAATCCATATAACAGACTTAGACGAAATTGAAAAATAAGATTCAGTTTGAGGGAGAAAAAAGGAGGACTCATTTTCTGCAATTTTTACGTAGGCTGGTTTACTACTAAGAAAATGTTTATTTGACTTTGAGTATTTTGGTTTAGGATACCTTTTTTATTGTTCGTAAAAATGTGAAGTGAAATTTAAAATCATAACAAACACATATAAAATTAGAGATCGGGATTTTAATCACATATTGTTTTGTGTGGTTTTTATAAACGCAGCATTTGAAATTTTGTTCCAAAAAAAAA 4 1 3' arm Mnemiopsis_leidyi mirnest 100 100 -15.9 ....((((((...(((......(((((((((..(((((.((((...(((((((.......)))))))...)))))))))..)))))))))......))).))))))..... (-15.9)