mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAGAGCTATCCGTCGAC CATGGAGTTGCTCTCTTTA GTCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGGC CAGCCCCCGCCCAGTGCCCACGCCCTTCACCACCGCTCCCTCAACTCTGTGTATTTCATCTGACCACTTGACGCCTGCAGGTCCAGTAAAACAACACAAGTGGAATATAATAATGGAAGAGGACGAGGTGGCGCAGCACGATGTTACGTAGAGATGGTCTTTGCCTTCCCTAGCAGAGACCGCAGAGAAACTGGACAACCTCTTCGCGCCCTTCTCAGTGTGGTGGTTACGGAGGCGTGGCATGCTGGCGGGGTTACAGAGAGGTTAGGAATGAATGAATCAAGCTTTTCCTTCGTCTGCAGCAACAAAACACTTCAGCAACGCATCCACGGCATGAAGGAAGGAGCGGCAGCAAGATACACCTACAAGTATATACGTACTCTGCACTATGATAGGACAGGAGCTTCAAGTCCTATGTGATGCCGGCTGTTAAGGCATTGTGGAGGTTTAGGGTAAAGTCTGCACTCTTGTCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGGCTAATATGCACCAGAACATCGAGAGTATCTACCTAGCTACATCACCCAAGCTGACATCACGTAATACACATGAAAGATATGATTCGAGATGTATGTAATAATGTTTTAGATTTATTGTATTATTGTATATGTACAGTATCTGTATTGATGTAATGGTGTAGTTTTACTGAAATTTATATTC 2 2 5' arm Carcinus_maenas mirnest mir-281 0.000001 bmo-mir-281 0.000000000001 -31.7 (((((..((((.((((((((..(((((.((((((..((........)))))))))))))...)))))))).)))).))))) (-31.7)