mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAGAGCTATCCGTCGACAG GTCATGGAGTTGCTCTCTTTA GTCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGGC CAGCCCCCGCCCAGTGCCCACGCCCTTCACCACCGCTCCCTCAACTCTGTGTATTTCATCTGACCACTTGACGCCTGCAGGTCCAGTAAAACAACACAAGTGGAATATAATAATGGAAGAGGACGAGGTGGCGCAGCACGATGTTACGTAGAGATGGTCTTTGCCTTCCCTAGCAGAGACCGCAGAGAAACTGGACAACCTCTTCGCGCCCTTCTCAGTGTGGTGGTTACGGAGGCGTGGCATGCTGGCGGGGTTACAGAGAGGTTAGGAATGAATGAATCAAGCTTTTCCTTCGTCTGCAGCAACAAAACACTTCAGCAACGCATCCACGGCATGAAGGAAGGAGCGGCAGCAAGATACACCTACAAGTATATACGTACTCTGCACTATGATAGGACAGGAGCTTCAAGTCCTATGTGATGCCGGCTGTTAAGGCATTGTGGAGGTTTAGGGTAAAGTCTGCACTCTTGTCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGGCTAATATGCACCAGAACATCGAGAGTATCTACCTAGCTACATCACCCAAGCTGACATCACGTAATACACATGAAAGATATGATTCGAGATGTATGTAATAATGTTTTAGATTTATTGTATTATTGTATATGTACAGTATCTGTATTGATGTAATGGTGTAGTTTTACTGAAATTTATATTC 2 2 5' arm Carcinus_maenas mirnest mir-281 1.0E-6 bmo-mir-281 1.0E-12 -31.7 (((((..((((.((((((((..(((((.((((((..((........)))))))))))))...)))))))).)))).))))) (-31.7)