mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTTT AGAGAGCTATCCGTCGACAGT TCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGG CAGCCCCCGCCCAGTGCCCACGCCCTTCACCACCGCTCCCTCAACTCTGTGTATTTCATCTGACCACTTGACGCCTGCAGGTCCAGTAAAACAACACAAGTGGAATATAATAATGGAAGAGGACGAGGTGGCGCAGCACGATGTTACGTAGAGATGGTCTTTGCCTTCCCTAGCAGAGACCGCAGAGAAACTGGACAACCTCTTCGCGCCCTTCTCAGTGTGGTGGTTACGGAGGCGTGGCATGCTGGCGGGGTTACAGAGAGGTTAGGAATGAATGAATCAAGCTTTTCCTTCGTCTGCAGCAACAAAACACTTCAGCAACGCATCCACGGCATGAAGGAAGGAGCGGCAGCAAGATACACCTACAAGTATATACGTACTCTGCACTATGATAGGACAGGAGCTTCAAGTCCTATGTGATGCCGGCTGTTAAGGCATTGTGGAGGTTTAGGGTAAAGTCTGCACTCTTGTCTGCACTATCAAGAGAGCTATCCGTCGACAGTACTGGAGCCAAACAACTGTCATGGAGTTGCTCTCTTTATGGACAGGCTAATATGCACCAGAACATCGAGAGTATCTACCTAGCTACATCACCCAAGCTGACATCACGTAATACACATGAAAGATATGATTCGAGATGTATGTAATAATGTTTTAGATTTATTGTATTATTGTATATGTACAGTATCTGTATTGATGTAATGGTGTAGTTTTACTGAAATTTATATTC 3 2 3' arm Carcinus_maenas mirnest mir-281 0.000001 bmo-mir-281 0.000000000001 -29.6 ((((..((((.((((((((..(((((.((((((..((........)))))))))))))...)))))))).)))).)))) (-29.6)