mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACACACATACACACAC GTGTGTGTGTGTTTGTGTTTACC TAATGAAGGAAAATTGATGTTACTGCTTGCTAGGGGTGATAAAAGGAGAGCTAAATAGGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTTTACCTAGTTGTGGTTTACGGGAGGGAGAGTCATGTAAACAACAATTAGGTAGATACACACATACACACACACTTGTACAACTCTCCCTCTATCACCCCTTGCAAGCGGTAACATCAATTTTCCATGTGC ATGCCATACCAAGTTTTCTGATACGAGCTTTTGTCCGAAACCCGAATGACACACTGCCTGAAGCTTTCCCCGAGTGTTGCAACATTGTGATGAGTCCCTGTTGCAAACCTCCCTTGCACTGCGGCCCTTCAGTTCGTTGACGATTGTTCAGATGCAACATGTAACTTTGTAAATATGCACATAGATATATATATATAAAAAAAAAGCCTGTAGGTTACCAAGATAGCCACTAAATAGAAGCAGAGTTATAATATTTAGTCCGAGTTTCTCCCGCAGTGTAGAGAGAATTGTAGCGCTGGAAGTTTGAGATTAATGTGGACTGGTTGATGTTGATGTGTGTGTGGTGGATGAAAGACGGATGATGAGAGTTGATGCTTTAATGAAGGAAAATTGATGTTACTGCTTGCTAGGGGTGATAAAAGGAGAGCTAAATAGGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTTTACCTAGTTGTGGTTTACGGGAGGGAGAGTCATGTAAACAACAATTAGGTAGATACACACATACACACACACTTGTACAACTCTCCCTCTATCACCCCTTGCAAGCGGTAACATCAATTTTCCATGTGCGTTTGTGAGAATGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTCAGCCAGTCTCCATTTTCTACAGTTTCTAGACACCAT 0 2 3' arm Carcinus_maenas mirnest 100 100 -115 .......(((((((((((((((((((((((.((((((((((...((((((....((((((((((((((((((((..((((((((((((((((.(((((((.((.......)).))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))))...... (-115)