mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAACCAGAACGAACTTTTTT AAAAGCTTGTTTGGGTTTTAC CTCTTAAAAGGAAAGCTCTATTGGTTTGGTCAAAAAGCTTGTTTGGGTTTTACTGATACAGCTTAGGAAAAACCAGAACGAACTTTTTTGCCAACTCAATATTTGTTGTGCTGTGATA GTGAATGCTTGGTGATAGATTGAAGCAATGGGTGAAATTGCAATTACATTAGGTATAATTTAATAGAGACAAATGGCAGACCTTGTATTAGGTAGAAAAACAACACCATCCATTCATGATAGATTTGACAAGACTTAACAGTAGCATATGCAAAAAAGAAATATATTTTTTGTTAACTGTAAATGCATAGCAGGTAACAGTGGATCATGGCTGCCCCCAAGTGCAATTACAATCTTAAGCTTCCTAAAGAAATCATATATCTAGACTAATGATGCTGATAGTTACTTCTTTCTAGGTACTTGCCAGATCTCTATTGGAGTATTGTGTTGTGTTCTGACCATTTTATTACATGACAGACTAGCTGTGGTTTGGGAGAAATTATCCAGCATGGTGAAGGGATTTAAAATCATGTGTTATACAGGAGAGTAAAAAAACTCTTAAAAGGAAAGCTCTATTGGTTTGGTCAAAAAGCTTGTTTGGGTTTTACTGATACAGCTTAGGAAAAACCAGAACGAACTTTTTTGCCAACTCAATATTTGTTGTGCTGTGATACAGGAAAAAAATCTTTTGACTTAAAAAAAATTACTCTCAGAAAGTTTCACTAATCCCAAACAAATTGGTGGAATTGCAGTGTTCACAGCAATAGGTAGTATCAGTTGAGGCTGGGATCATTGAAAACAAGAAAAGTAACTATTCAATAGACTAGCATGGTTTTTTTTTTTTTTCCCAAAGCTCTGTCATTTCCATCCAACTAGCAGCACCCAAGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACC 3 0 3' arm Bos_sp. mirnest 100 bta-mir-2284x 0.0004 -31.2 ...(((...((..(((..((((((.(((((.((((((.((((((.((((((.((((......))))..)))))).)))))).)))))).))))).))))))...)))...)).))).. (-31.2)