mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGTGTGTGTATGTGTGTG TATATATATATATACGCTCCA CCCTGTGGGAAAGAACTATATATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATACGCTCCAGTTCTTAGGCTTCAGACT CTTTGGTTTGAGGGAGAAGCATCTGGTGGCTAGGGTCTCCAGGATAGTCAGTGCTGTTTGGGAAGCCGCAACTCGGTCTTCGGCCTCCACGTGCTGTGTCTGCTGAATGATGTGTCCCCTGAGGTGCCTCTACTTATAGATCAGTGACCCTGGCCACATCTAGCTTAACAGGTACAGCATTCTTCCCTGTGGGAAAGAACTATATATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATACGCTCCAGTTCTTAGGCTTCAGACTTGGCGGAGCTTTTTGTGGTTTTCACAGCAGATTGGCTGGTACAGGCTAACATTTTGGTGAGTCAGTGCTATGTTAATCTCTTGAACTATCAAACAGCCATATCTATCTTCCCAAGACAGAATTTGCAGTCCTTTCTCATATTCCATGTGACGGGGTGACAGAAAACTCACTGTCTTTTGGTTGACTCTGGACGGTAATGCCTGAACTGTATGGACTTGACTTTACTGTTCCTCTTGAGAGAATACGGCGCGGTGGTTTCTGGTCAAATTAAATCACGTGATGTGGGCCTGCCTGCCTTTT 2 0 5' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -26.3 (((...))).(((((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))...)))))))............ (-26.3)