mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTTGTTTGGTTTTTTTTTC AATAGAAGCTGGAACCCTC GTGTGGCTGTGGTTGGGTGTTGGGTTGTTTGGTTTTTTTTTCCCCTCCTTTGAGAATTTTCTTTTGTAGAGGCAAAATGAAATACTTTTTTAAAACTGAAATCTGTGGATGAAATAGAAGCTGGAACCCTCCTCTTGGAACATTCAGCC ACATCATTAATGAGATTTTTCTTCAGCCACCAGTGTTGGCTTCGAAGCAGAGGGCTGCAGCCCCTGGTGTTTGTAATATAAGAAAGAATACGCAGTGTGGCTGTGGTTGGGTGTTGGGTTGTTTGGTTTTTTTTTCCCCTCCTTTGAGAATTTTCTTTTGTAGAGGCAAAATGAAATACTTTTTTAAAACTGAAATCTGTGGATGAAATAGAAGCTGGAACCCTCCTCTTGGAACATTCAGCCTAAGAACCTCATGGGACTATGAATTCACCCAAAATTTTCATTTGCCATCAGGCCGAGCTTTTAAAGGAAAAAAATAAATTGTTCTCTAACCAGGATTGTAACAAAAGTGTAAATACTATTTCAGAGTTGAAAGTTGACGGTGCAAATATGTATATAACGTACTGTATTTTACAATGATCGTCGCATGACTCTATTCCGCCCCCTTTTTGTACTCCGTATCTGTCTTCCAGAAACACCAC 1 2 5' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -34.1 ....(((((..((((((....((((..((((((((((.((((...(((((((((((.((((((((((....)))))).))))....))))))))............))).)))).)))))))))))))).))).....)))...))))) (-34.1)