mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTTGTTTTGTTTTA AAATATGATTTGAAAACAA TGAGACATTATGCTGAATACTAGAGTTCCTTGAAATATGATTTGAAAACAACTGTTCCAAGACAGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAATAGAATTCTAAGCTTTAGCTGGCTAAT GTGATAGGCATGGTGATACGGAGATAAATTGGACATGATCCATATAAGTAGTGAGACAGAAACAAGAAGGTTATAATTCTCTAGAACAGCCCCTAAAGAGTACATGGAATATGAGATTATAGATCCTTTCTGCTGTTTTATTGTTTATATTATGACTGGCTCCCTGTGACACAAAAAGAGAAAATTAGGAGGCTTCTTGCCAATTTTTACCAAACTTCTAAAGCAGTGATTTTAAAATATTTTTAACAGTTGAATAATTGTTACAAGCTCCTACATAACAGTTGAATAACTGCTACAAACTCCTACGTGGAATCCTTATATAGAAAGCAGATAAAAGGGAAGTTGTTTGGTTAAAGCTGTGAGCTTTTTTCCCTTTTGGTTGGGCCCCATTACCCATACATGCATATGTCATCTTCTACTTCTTTCTGTTAGTTCCTGAGACATTATGCTGAATACTAGAGTTCCTTGAAATATGATTTGAAAACAACTGTTCCAAGACAGGGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAATAGAATTCTAAGCTTTAGCTGGCTAATCCTCATGCTACTTTTTTTTTTTTCAAAGTAATCTCTTAAAAATGTAAATCAGATCATGATAATGTACTGTTCATATTCTCCACTGGACAGGGCCAACAGGAAAATTGGGGTATTCTTACTTGAGAGCTTAATTGGGTATCTTGGGGCTGGAGAGTCAACAATAATTGATGGACAAAGGCAATCTTG 4 2 3' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -23.8 ...........((((((...((((((((.((((((((.(((...(((((..(((((....))))).))))).....))).))))))))...))))))))...))))))........ (-23.8)