mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATACTCTCTCCGTCCCAGAAT TTTGGGGACGGGGGGGAGTATAT GTCCTAAACTTATACTCTCTCCGTCCCAGAATNCTTGTCTTAGATTTGGCTACATATAAATGTATTCTATCACGTTTGGGTATTTAGAATCCATCACTTTTAAAACAACCCTAAAACCAAAATTTTGGGGACGGGGGGGAGTATATGATTGGAA AGTTTTTCTGCCAAATTATTTGGATTCAGCCGGAACATCTGAAGCAGCTCACTGCTATATTCAGAAACTTGCTGAATGTGTATCTTTCCTGTGTGATCTGATCTGGACCCTGTNTACCCGTGAAACTGCACTATCCCTGCTGAATTNTGGATTATGGCTTGTTACCTTCGCTTCTTTTAATTTGTTGAGAATTTCAGAGGCTGTGACTTATTCTAGTATGTCGTATTTCCAAAATATTCGACATCAACAACATACCAGGAAGTTGATCTGATTTTTAATCACTCACCAAACTCTAATCTATCGCAGTTATTAGAAGTAGTGCTGTAATTTCATATGAATCCTATAAGAATATTCGCGTGTTGTATTTTACCTAATGTTTAGTTCATTGCTAATTCCTCCAAACACTCCCTACAGGGGTCCTAAACTTATACTCTCTCCGTCCCAGAATNCTTGTCTTAGATTTGGCTACATATAAATGTATTCTATCACGTTTGGGTATTTAGAATCCATCACTTTTAAAACAACCCTAAAACCAAAATTTTGGGGACGGGGGGGAGTATATGATTGGAAATTGTGGTACCTTTGCG 1 2 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000009 tae-MIR1122 0.000000008 -42.8 .(((......((((((((((((.(((((((((..(((.....(((..((.(((((....))))).)).)))..((((((((.(((((((........)))))))...))))..))))))).)))))))))...)))))))))))).....))). (-42.8)