mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTTTTTGTTGTTTTT AAATCAATAAGTAATCTAGGAC TTTACTATTTTTTTGTGTTTTTTGTTGTTTTTAAATCAATAAGTAATCTAGGACTAGCATTA TCACGGTTTAAGGAATTTTTATTAAAGCAAGAATTTTATAATCCAAATTACGTTTCCTTGCTCAGTTATCAATTCTGTTATTTAAAACAGAAGTGACATTCTGAGCTATTCCACAGTAAAGAATTACAAAATTAAAGAAAGGAATGCTTTAAATTTTTGTACTTTGCTGAAAATTCTTTTTCCCACGGTCTATAAAACATTAATTTGTTTTTATATTTTACTATTTTTTTGTGTTTTTTGTTGTTTTTAAATCAATAAGTAATCTAGGACTAGCATTATGTTTGCTAAACCTGGCATTTGCTCGGTACATAAGGTTCAAAGTTTCCTTTCC 5 1 5' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -6.2 ..........(((((.(((.(((((((((....)).))))))).))).)))))......... (-6.2)