mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTTTTTTT CCAAAGAAAATAAAACACTAT CTCTTTGAGCATTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAACCTCACCATGGTTTTTCTTTGTAAGTTACAGTGCTAGGTCTTGTAGCCCTGTCTATAGAATATAATCCAAAGAAAATAAAACACTATTTTAAAAC TTGTTTTGAAGTTCAGAATAGACTAAATCACCTTGTATTGATATATACATACTTTTTAATACAAGCTGATGCTTGAGAAAATTACTCTCTTTGAGCATTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAACCTCACCATGGTTTTTCTTTGTAAGTTACAGTGCTAGGTCTTGTAGCCCTGTCTATAGAATATAATCCAAAGAAAATAAAACACTATTTTAAAACATTTTTAGGAACCATGTAGTAACTGGTTGTTTTCATTTTGTGAAATTATATGAGATTAATAGTAATTGAAGTATTTTTTATACCCAGTTTTTTTCCAAGCATTTTATTTTTTAATGAGTATTCTGAAACACAAGCTGTGTTAGTTTTTAATTAAAAAATTTTTACATTTATAATTTCTCTCTAATCAGGTATTTAAGGAGGTTCTCCATCTTCCTGTGTATCTCCTGAAGCCATGCCATGCTATAGCCAATTTGAAATAATAATCTGCAATACACTGGTGAGAGGGGTACCAACAGCTCTAATCTTAGGTTATAAAAGTCAAATTAAACTGACTCCAGAAGTTTTCTCTGAAACTAATTCAGTTTTCTACATCTTTCTAGCAACAAGGACATTTTTTGCTGTGACATTTATTAAAAATTTTTGCCTTAAAA 5 0 5' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -22.2 ...((((((....(((((((((((((((...((.((..(((((((.......))))))).((((((....((((.((((.......)))).)))).)))))).)).))...)))))))))))))))....)))))).. (-22.2)