mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTTCCCTTCCCCCCTTCA AAGGGATGGGCAGGGAAAAAGAT AGTTGCAGTTAGAAGGGATGGGCAGGGAAAAAGATAGTTTTGGGTGTCTTTGAATAGAAACAAGACTAAGTTTTTAAGTTTTGTTTGGTTCCCTTCCCCCCTTCATTAAAATAT ATTAAATTTTGTAGAAGGATGTTTTCATGCTTCTGTCCTCTCCTAGAACCAGAACAGCTTTCGCATCTGTGCCAGGCTCTAGTTCACCAGCTATGTATCCAGTCATCATCTCATTCACATTTGGCTTCACTTGGTGACAGTGGCCATAGCTAAGTTATTTGGCATGTTTGACTTTCAACAGTAACAAAAATGGTTTTGGATTTTATTTCCTAAAAATGTATACGATGTCGAAACTTTACATTTTATATACTAGTATCTGGCTATTAGTATTTTACAGGAACCATAGTTCTTGGTGACTACATATATATATATATATATTTTTGTGACTTTTTTGTATACTAAGTGCCGTTTCAATGTTACAATCATTTTTAGAGTTATTGTAATCAATGTGAATATCATGTTTTTTCAAATCTGTTCTGAGCCTATAGTGTTTGCTTTGTGAATATATATGTGTATTGTATATATTCTGTATAGTTACATTGTACTGAAATATTAGCTTGTTTGATATAAGGAAAGTATGTATTGAGTACTTTTTGCTAGTTTGGTTGTTTAATCTTTTTTAAAAAGGTTTAATCTTTTTAAAAAGCAAAAACTTTAAACTGGCCTTTATTACATGGTCACAAATAAAGTTGCAGTTAGAAGGGATGGGCAGGGAAAAAGATAGTTTTGGGTGTCTTTGAATAGAAACAAGACTAAGTTTTTAAGTTTTGTTTGGTTCCCTTCCCCCCTTCATTAAAATATCTTATTAATGCTTTATGGAGTAAA 4 2 3' arm Bos_sp. mirnest 100 100 -31 ...........((((((..(((.((((((..((((((.((((((.(((((...........)))))......))))))..))))))..)))))).))))))))).......... (-31)