mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGGTAGTAGGTTGCATAGT TATACGACCTGCTGCCTTTC AAGAAAAAAATGGGTTCCTAGGAAGAGGTAGTAGGTTGCATAGTTTTCGGGCAGGGATTTTGCCCACAAGGAGGTAACTATACGACCTGCTGCCTTTCTTAGGGCCTTATTATACCAC CCCCCCCCCCCCCAAATATGGCCTAATTTAACAGGTTAATTTGAAGTCCATCTACTAAGTAGAAGACCAGCAAGAAAAAAATGGGTTCCTAGGAAGAGGTAGTAGGTTGCATAGTTTTCGGGCAGGGATTTTGCCCACAAGGAGGTAACTATACGACCTGCTGCCTTTCTTAGGGCCTTATTATACCACGGTAACCGGTTTCCTTGGTACCTTGCTTTGGTGTAAACACTTTTTTCTGGAGAGTTTCTCACGAATGAAAACATTGCTGGCATACCAAAGAAGCAGTGCTTGGTTTAGTGATTTATAAACAGCAGCATTATATGAACATCAACTGCTGAGAATTTAAGACTTCTGAAGTATAGTTTCTCATGTAATCTCACTTTGGGGTTGCTCAAAAGTTTGGGAAAGCATAGTTTTGTTTTTGGTCATTTTCCCTTTTCTGCTCATGACACTGCCAGCTGTAGCCCCCTTTGTAACTCTTTATCCAGAAGGCATTTAATGAAACTTTTGAAATACTCTGCTTTTTCCTATACTGTATTTATGCATTGCTAGTTTTTTTTTGTTTTCTGGACTTCAAATTTGAAGCACTTCTTAGGGGTGGTATTGCATAGTGTGGGAATCCATCATTGCACTGAGCACCCATTCTGGTATATAATCCTGTGATTGAATCTCTCTCTAATATGTGCAGGGACTTTAAGGTCGACAAAAATGAAAGGTTATAAGATATATACATATTTTATTAAATATCTTTCTAATAAAAATAATACTTCTA 1 1 5' arm Bos_sp. mirnest let-7 4e-32 mmu-let-7d 2e-45 -45.3 ........((((((.(((((((((.(((((((((((((.((((((.((((((((.....)))))).......)).)))))).)))))))))))))))))))))).))))))....... (-45.3)