mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAGTTTGTTTGGGTTTTTT AAAACCTGGATGAACTTCTGG CTAATAGTATTGGGTTGGCCAAAAAGTTTGTTTGGGTTTTTTTATAATGTTATGAAAAAACCTGGATGAACTTCTGGGCCAACCCAAGTTTTCTA GCTGCTTATAGAGCACCAAGGAATATCATTTTTGCTGGCTGAAATGGCAATGAAAGTTGAACTAGCTAGATTGAGTTACCAGAGAGCAGCTTGGGAAGTTGATTCTGGTCGCCGAAATACCTATTATGCCTCTATTGCAAAGGCATATGCTGGAGATATCGCAAATCAGTTAGCTTCTGATGCTGTTCAGATTTTTGGAGGCAATGGATTTAATACTGAATATCCTGTAGAAAAATTAATGAGAGATGCCAAGATCTATCAGATTTATGAAGGTACAGCACAAATTCAAAGGCTTATTATAGCCCGTGAACACATTGGCAGGTATAAGAAGTAACCAGATCACCGTGTTAATAATCGTTGAGTAATTAGAATATGATCTACTATTTAAACTCCAGGAAAGAATAAGGGCTTTAAGGTTTTTTTTCCAGCGAAAATTTTAACATAGGTTCTCATGTACTAAACCTGTATAACTGATTCTAATAGTATTGGGTTGGCCAAAAAGTTTGTTTGGGTTTTTTTATAATGTTATGAAAAAACCTGGATGAACTTCTGGGCCAACCCAAGTTTTCTACTTTTGTTTAACTTTATGACTTGCCTTTTCTATAACACATTTGGTTTTATTAAAGTTATGTGTTTTCCTTTAGTTCCAGTGTACCTGAATTACATTAACCTAGAAAAATACGTTTGGTTTGTTGTTTTAACCTCTGAAAATTAGAGAAACAGAAATTTCTTGGAATTTCAGTGTTTTTCCAAAGACAGAAAAGAAGGTTTATAAAGTATTCAGAATGTTCCAAAATTTACATTGAGAAAATATTCTAGGATTTAAATAACCTGTCAGTGACTTTGTAGACTTAATGGTCTTA 2 0 5' arm Bos_sp. mirnest 100 bta-mir-2284x 0.0003 -42.6 .........(((((((((((...(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))...)))))))))))........ (-42.6)