mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTTATGGTATTGTGTTTG GGAATAGTACCAACAATTG TTTGACGGGAGAATCCACAGATGGAATAGTACCAACAATTGGCTTTCAAAATTCTTCTTTCTCGCTGTACAAGTTTCAAGTCACATTGTTTGATGTTGGAGGTGGACCAAGAATTCGTTCCATTTGGAAAATCTATTATGCAGATTGTTATGGTATTGTGTTTGTTGTGGATTCAAGTGATGC GCACGAGCACAAAAATCGAAGCACATTTTGTAGCATTTCAAGAGTGGGATGTCGCCAAGAAACATTTGATCTCAAGGCGGATACCTCACCAGTGATGTTAAGCCTTATGGCAAATTGTTTTACTTGGATAAAACAAAGGAGAGAACCGTCGAAGAAAGTCACTCTTCTTATGGTGGGCTTGGACAATGCAGGAAAAACGTCCACGGTTGCTGATTTGACGGGAGAATCCACAGATGGAATAGTACCAACAATTGGCTTTCAAAATTCTTCTTTCTCGCTGTACAAGTTTCAAGTCACATTGTTTGATGTTGGAGGTGGACCAAGAATTCGTTCCATTTGGAAAATCTATTATGCAGATTGTTATGGTATTGTGTTTGTTGTGGATTCAAGTGATGCAGACAGATTGGAAGAAAGCAAGAAAATTCTACATGAAACAGAGGCACAGCCTCGTGTTAGTGGAAAACCTCTACTGGTACTTGGAAATAAGCAGGACTGTGAAGGAGCATTGAATGAAAGTGAATTACGAAGAAAACTGGAGCTTGATAAGCTCACACAAAAATACAAGTGTCCTTGCCAAGTGTTTTGCTGTACAGCAGTTCTTGGTAAAGAAAATAAAGTAGACAAACAAATTAAGAAAGGTTTTCGCTGGCTTTTATCTGAGGTTTCCAAAGATTTTGAGAATATTTCTAGAAGAGTGGAAAAGGATCTTGCTGAGCAGAAAATAGAGCAGGATATGGAAAAGGCTCGGCGAAAGGAAAGACTGCGCAAAACCAGAGAAGAGAGGGAAAAAGCCGAGAGGGAGGCTGCAGCCGCTGAAAGGCAAGCAAGTTGTAGAAGACTCAGACGACGGTGTTGTAGCGGGCAAGGAC 3 2 3' arm Acropora_millepora mirnest 100 100 -42.2 ..........((((((((((..((.(((((((((((((((.((.......(((.(((((..(((((...(((...(((((.((...)))))))..)))..)))))...)))))....((((....))))))).......)).))))))..))))))))).))..))))))))))......... (-42.2)