mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTGATACAGGTGGAGGGAT CTTGTTGTCAGTAACAATCGA GTTTCACAAAGTCTTAGATGATCTTGTTGTCAGTAACAATCGAATGTTGATACAGGTGGAGGGATCGGAAGACTCAACATTCCT GGCTGCAGGCGAATTAGACCATGGGATCCCTTTGATTAAGCAGCTTAATTGGTATCCGTCATCACTACACATTTCCAATGGATTTCTGTCTGTAATTGCATAGTTGTAAACTAAATGATGAAATTATGAAGACTTTCTTGTTTAATAGGCCAATTTTTCAGGAAAAACAAGTCGTACTCACTCACTATTACAAGGCAAGAAGTCAAAACTACTAGGCTAAGCTTTAAGTTTTGCTTAAATTTATTACCTTTTCGTTAACTCGTACTCCATACTTGAGGACGTAGCGAGTTTCGATATAACTCTCACACACCAGTAGGAGTCAATGAAGATAAAAACAACTTTGGAGGATGGAGACCTTACAAGTTGATAAAAACAGATACAAAGCAAAGGGATGTTCAAGGCAAGCGTCACTAAAAGAAGAGGTGCAAACACACTGTCTGCCAAGGCCACAGTTTCACAAAGTCTTAGATGATCTTGTTGTCAGTAACAATCGAATGTTGATACAGGTGGAGGGATCGGAAGACTCAACATTCCTGCAATAATTGCGCTTGATACACAGAAAAGCACAAAAGGCACGACCCTTGTACAGCTAACACTCGCAGCAAACAATATATGAAGGACGCGGTAGGGAAGCAAACCATTCCATGGTCGAAATCTCGCTGGCGATACGTTTTCGTAGATGTCAAGAAGTATGATGCAAAGGATGTTGCATACAGCGTAAGAGCAAGCCAGAATAATAAGGAAATACACAGACTTCTTTTGTTATTCCAATGAAATCACTTGC 4 0 3' arm Acropora_millepora mirnest 100 100 -18.8 .........((((((...(((((((.(((((.(((.((((.....)))).))).))))).))))))).)))))).......... (-18.8)