mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTGTTTTTTTTTTTT GAAAAAGGGATGAATAGAATA ATAAATGATAATTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGTAAAAGTTTGGGCTTGTTCTTTTTAAAATATTTCTTTGATTATCATGAAAAAGGGATGAATAGAATAGTAGAATA AGTTTTTATTCAATTATAATTCATTTATCATTCGAGTGAGTGGAAAAACTTAAAAACTCTTTGAATCAATTTCTATTTCTTATAAATGATAATTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGTAAAAGTTTGGGCTTGTTCTTTTTAAAATATTTCTTTGATTATCATGAAAAAGGGATGAATAGAATAGTAGAATAGGATTTCTAAATAGTTTTTAAATTCATTAAATGAGGTACAATAATAATATGTATCATCGCATTGTCATTATAGGTTAAAATATTTATGTGCGGCAAGAAAAAAGAGTGTATTTTTTACGGCATAGCATCTTTTTTTATAAATTTTCTCACTCTTTTTTGAGTATACAGAACAAAATCACTTAAAATCGTCATTCAACAGCAGTTTTTCTTTCTTTTTCATCATTTCTTAAAAGTTAAGTTTCTAAGATTTGTATTTGGAATGAAACATTCATAATTAATTATTTATTATATCATAGATGCAATTTTCTTACTTTTTAAAGTTTTGAAAATTTTATTTCATTATTTGGTAAATTTTTCAATGCATTCCTTCATTTC 3 0 5' arm Polypedilum_vanderplanki mirnest 100 100 -15.3 .......((.(((((..(((((((((((((.(((((...(((.(((..((((........))))..)))..)))))))).)))))))))))))..))))).))...... (-15.3)