mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCAAGGAATTCAGGTATTGA AGCGTCAGAAATTCACGGAACA ATGGATATCAGTTCAAGGAATTCAGGTATTGATTCAACGGATCCAAATTGGAATCTTTTTTTGCATCAATTGCAAACTGAAAATCAGCGTCAGAAATTCACGGAACAGGTGCAAA TTTTGGTGTTGCCGATTGATGAGTTTCCTTCTTGTTGGCTGGTGTGTTTTCCCGGGAGAAGAGCAAGAGTGGACAGATGGATATCAGTTCAAGGAATTCAGGTATTGATTCAACGGATCCAAATTGGAATCTTTTTTTGCATCAATTGCAAACTGAAAATCAGCGTCAGAAATTCACGGAACAGGTGCAAACGTTGACAGGTCGTTGTTGGGACGTGTGCTTCTCGGATTATAGGCCGCCAAGCAAGTTGGACGGGAAAACACAAAACTGTATTAATAACTGTGTGAATAGGATGATTGATGCTAGTAATTTCATGGTGGAACATTTACAGAAAATGAGTACTACTGAAATAAGTTAAAGTGACTGGATTTCAATCACAAATTTTAATGTTTGTGAATTATATATTTTTGAAATATATTGAAAATACTCTGTTATGCTTTTTTTATTGCTGGTTCTACATAAATTGTTAGTTGTGGATATCTGTGGATGCACACCTTAAAGTTTTAGATCATCTCACAATCTTAAAGTGCATTTGCCATTTACTTGTCGCGCCTTATATATACTATTGGTGCAGTTTTTAATCGCAGCTATACAGTGTTTGAAATGCTGAGTTATTTCTAAGTCTTAATAAAATATC 5 1 5' arm Onchocerca_volvulus mirnest 100 100 -21.1 .....((((.((((..(((.(((.(((.((((((((..(((((((...))).))))...((((((.....)))))).)))..))))).))).))).)))...)))).)))).... (-21.1)