mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACATGTGAAAAAATTGGAAA GCCAATTTTGTTGCACTGTTTT CATTCCTGTAAAACATGTGAAAAAATTGGAAATTTCCATTCAAAGCCAATTTTGTTGCACTGTTTTGTTATTTG GCACGAGGGTCACGCTAATTTGTTATTCATTCCTGTAAAACATGTGAAAAAATTGGAAATTTCCATTCAAAGCCAATTTTGTTGCACTGTTTTGTTATTTGCAACAACCGCATTCAATTTTGAAGTCTAAAACATGTCTAATGGTGAAGCAGAGCCGAATGGAGACTGCGCGATGCAGACGGAGCAGGCCGCTGAAAAACGCGTTGGTTGTGCCCACTACAAGCGCCGAGCTAAGTTTGTAACGCCATGCTGCAACAAGTTGTACATGTGCCGATACTGTCACGATGAAAACGAAGAGCACTACTTCAACCGCAAGTCGGTCACCGAGCTCATCTGTACGGAGTGTGACACTCGGCAGAAAGTGCAGGCGGAGTGTGAGAACTGTGGTGTCCGGTTTGGAAAGTACACATGTCTGATCTGCAACCTGTTCGACGACGAGGACAAGCGACAGTACCACTGCGATGGCTGTGGAATATGCCGCGTGGGCGGTCGCGACCGCTTCTTCCATTGCGAGCGGTGCAATATGTGTCTGCCGGTGCAGTTACAACGCGTCGGCCACAGGTGTGTGGAGAACGTGTCCCGCTCCAACTGCCCGGTGTGCTTAGAAGACATCCACACGTCCCGGATCCCGTGCCACATCCCGGACTGCGGGCACTTGCTGCACCGGCCCTGCTTCGAGCAGCTGCTGCACTCGGGACACTATGCGTGCCCTACCTGCCAGACTAGCATGATTGACATGTCCAACTTATGGAATTACCTGGACTCAGAAGTGGCAGCGACGCCTATGCCGCCGGAATATGCGGACTACAAAGCAACGATATTGTGCAAAGACTGTCATAAGTTGTCCACTGTCAGTTCCACGTGGTAGGACTAAAGTGCCAACATTGCGGGGCTTACAACACGTGCCAACCAATGGATTCCACAAGTAAGT 4 1 5' arm Ostrinia_nubilalis mirnest 100 100 -15.9 ........((((((((((((.((((((((...(((......))).)))))))).))))).)))))))....... (-15.9)