mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTTTTTTGTTTTTCTTT AGAAAGAAAAGAGTTATTTT GATTCAAAAAAAAGAAAGAAAAGAGTTATTTTCAAAAAGGACAATGTGTGTTATAGCTGTATGTATGATATAAATATCCAATTCTGTGTGTTTTTTTGTTTTTCTTTTTTTCTAAA AGTATTGGTTGTGTGTATTTTATATTCCTCAGAAAAACATAATATTTTTATTACAAAGTGACATGGATTCAAAAAAAAGAAAGAAAAGAGTTATTTTCAAAAAGGACAATGTGTGTTATAGCTGTATGTATGATATAAATATCCAATTCTGTGTGTTTTTTTGTTTTTCTTTTTTTCTAAAAAAATGGAGACATAAATATTTATGAGAAAAATTATAACAAATATTATTATCATTATTACAATAAATATACAGGCTACACTTTTTCTTTCTAACTGAAAAGTATTTTCTTTAGCTTAAAGTCGAATAATTAGTGACGGATGACAAATTGGATTTATTTTTTTATTGTTAAAAAGAATGATTTTGGTTGTGTTCCTGGGAAGAACAACGGAAGAGGTGGTGCACTCTCCATCATAATATCAAACGGTATGCTTTTTTTCGCACTTGCAAAAGGAAAGAAAGAAATGGAAAAGAGGGGGTTTGAAAGTAGAGGAGTTAGCTCGTTCCTTTTTAAGTTAAACAAAGAGGACCATCTTTGATGATTCGGGGCGGTGACATGGAAGATCAATTGATATTGAGAGGCCTCTTTTCATGATTAATATTACTTCAAAGAATGAATAAAAGAACTCCTTTGTGCATACTGAGTCATGAACGTTTTTTGCTGAAATTGTTACTATTATTGACGTCTTTGCCATGATATTTTTTCTACAAAAAAATAAATAATAAGCTCAACTTGTCAGTCCTTGTAGTTGTAATAGTGAGAAGAAAAAAAATGAATCGTAGAAAAATTCACCAAGATGGTTTTACTAATGGTGCAGTCTTCTTTGTATGTTTAGGTGT 3 1 3' arm Caligus_clemensi mirnest 100 100 -20.2 ......(((((((((((((.(((((.(((...((.((.(((.....(((((((((........)))))))))....)))..)).)).)))..))))).)))))))))))))..... (-20.2)