mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACCTCCGTCCCATAATCT GCGATGGATGGAGGTGATGA TTCTAAATTTTACTACCTCCGTCCCATAATCTCGAGGGCGATGGATGGAGGTGATGAGCTCCAGC TGCTGACGGCGGTGAGCGACCCGAGGAAAGGCGGCAGCCCTGCCGGAGTATGATGGACATATTGTTCAGGCGTGTCAGGTGTACATACAGTCGAACATATTGTTCTGAACCCAACTTCTCACACCTTTCTAAATTTTACTACCTCCGTCCCATAATCTCGAGGGCGATGGATGGAGGTGATGAGCTCCAGCTTCACTCAGTTTGATATGACGTCTGCAGCGGCCGCTGATTCCCGTAATCCCATGTGCAATGGGATCAAGATTGTTTTGCATTATAGGAAACAACGTGCATGATGAGCAGAGAGCATATCAAAATTGGTAAATTGTGTACTTGATCGTACTCCCTCTTCTCTATTGTTTTGAGCTTGAGGGTACAAGTTGACTGCTCATGCATTAAGGGAGCACAGCTATGGTGTATTGGTGCCGAACTGCTCATGCTATTCTATCCAGTGCTCTTAGTAGCATTTTGTTTTACAAGGAAAATGGGAGTTTTATTCCATGATGATAGGATTAAAATTAAGTGGCAGCAGGTCCTCAATACACGGAGGTCCCCTATGCAACCATAGAGCAGTAGCTAATTCTGTATGACTATAATTTGCCAATTTATATGCAACCATACAGCAGTAGCTAATTCTGTA 3 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest 100 100 -19.2 ........((((.(((((((((((.((..(((...)))..))))))))))))).))))....... (-19.2)