mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAAGCAGCTGCCCTGGGAGA TGTCAGGGCGACTGTCTGATC GGCACAGCTGCGCAGTTCAGTCTGTCAGGGCGACTGTCTGATCGCCAGTTCCCAGCTCCGAAGCCTCTGCCCAAGATGATGCCAGCCGTGGTCTTGCTCTTGCTCCTTCTGGTCGAACAAGCAGCTGCCCTGGGAGAGCCCCAGCTCTGCTATATC AACTGCTCATGGGCACAGCTGCGCAGTTCAGTCTGTCAGGGCGACTGTCTGATCGCCAGTTCCCAGCTCCGAAGCCTCTGCCCAAGATGATGCCAGCCGTGGTCTTGCTCTTGCTCCTTCTGGTCGAACAAGCAGCTGCCCTGGGAGAGCCCCAGCTCTGCTATATCCTGGACGCCATCCTGTTTTTGTATGGTATAGTTCTCACCCTGCTCTACTGTCGACTCAAGATCCAGGTCCGAAAGGCAGCTGTAGCCAGCCATGAGAAAGCAGAGGCTGTTTACACGGGCCTGAATACCCGGAACCAAGAGACATACGAGACCCTGAAGCATGAGAAACCACCCCAATAGCTTTAGAACATGTGTGCTCGGCTGCGTTCCTTTTTCTGCTTCTAGTTCTCTCTGAGCCCTCATGGTTGACATCCCTAGGCTACCTCTATGCTCGGGATGCCAGCTGACCTTACTCCCATAACGATGCTAGGCTCTAAATTAATGTACACCAGCAGTTCCTCGTCTCCATTAAAGACTTACTCACCGATGTTTATTGCTTTATTCCTCTTTCCTTCCCTGGTCCCCTACCCTTGCTAAACAGCGGAAGGGATTACCTTCCAATAAAGCTGTCACAGATCTGAAAA 4 0 3' arm Peromyscus_polionotus_subgriseus mirnest 100 100 -50.1 ((((.(((((.((.......(((.((((((((.((((.((.(((((((.....(((.....(((.(((.....))).((.((((....)))).)))))...)))....)))).))).)).)))).)))))))).)))))..))))).))))..... (-50.1)