mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACATTATGAGACGGAGGGAGT TTCCTCCGTCCCACAGTGTAA TCTTGAGATGTACTTCCTCCGTCCCACAGTGTAAGATGTTTTTGCAAGTTGTTTTAGCTTGCAAAAACGTCTTACATTATGAGACGGAGGGAGTAATAGGCTGT GTCAGATATATAACTTGGTCCTGCGCACGTACGCTAAAGCTGAGATGATGCCTCTGATAATAGATGAACGAATGGACCAGGATAAGGTCTCAATGGATGACGAGACTAGGAGATTGTTGAAATCGACTAGCAAGTACCCAATTGGTGAAGTTTCAACTTTAATGTCTTGAGATGTACTTCCTCCGTCCCACAGTGTAAGATGTTTTTGCAAGTTGTTTTAGCTTGCAAAAACGTCTTACATTATGAGACGGAGGGAGTAATAGGCTGTGTTAGTTTGGATGCTCCAGGATGTAATGTTTGTTGATATGAGGTCACTGCCACAGTTCTTTTGGATTTAAAAATCTGAAGCAGAATGATGGCAGAGATAAATCTGAAGCACGTTCTTGGAATTGAATAATTAACAGTCTCTGTGTACCATCCTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGGCGGCCGAAACTCTGCGTTGTTACCACTGCTAATTCGTGAGCCAGAGGACGAGACAACCATGATATGTGCGAGTATGGCTGGAACAGTTGGTTACATGGCACCAGAGTATGGGTCTTTTGGAAAGGCATCACGAAAGAGCGATGTGTTTAGCTACGGGATCATGCTCCTTGAAGTCTT 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.0000000001 tae-MIR1130 0.000000001 -53.1 .....((...(((((((((((((.((.((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))))).)).))))))))))))).....)).. (-53.1)