mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTGTGTGTGTGTTCTTTTC AAAGGATATTTTGTCACATAATT CCAGAGAGATCGAATAATCAGAAAAGGATATTTTGTCACATAATTTATTCATTAATGTTATTTGTGTGTGTGTGTTCTTTTCTGATTATTACGTATGGCTT AGAGATCGGATTAAAAAGCACCCATGCATAAACACACGCAGAAAATACGTTTAAGCTGATGAGGTTCAGTACTAATTTAATGATCCAGAGAGATCGAATAATCAGAAAAGGATATTTTGTCACATAATTTATTCATTAATGTTATTTGTGTGTGTGTGTTCTTTTCTGATTATTACGTATGGCTTGCGTTCATGACGCTGAACAAAACCGGTTGCATGCCTATCAAGACAAGCGAAAGCAAGTAACCAATGTCAAATGCTTGACTGGCATTGATTCCAGAATATATGTTCGAGTTTGTTATTATTATTATTGATGAACGTCACGAAGGAATGATTCATATTCTGTTTCGAGTGTTATCCTTTCCTGCTAATGCAAATATGGGTAACTGTCACAGATGTATGCTGGAAAATGATGATAGTTCATCACGAATTCAAAAGAGGATTGTTTTACTTTTGGCTGGCTTGGATAATGCTGGAAAAACTACCACAGCTAAAGGATTAATTGGCGAGGTTGGTGATTCAGAAGTACCAACAGTTGGATTTTCTTCTATCTCTCTCTTATATGGAAAGCATACTGTGGTTATTTATGACTTAGGAGGTGGTGCTCAAATCCGAGGAATATGGCATCGATATTTTGTTGATATTGGCTAATAAGCAAGATTGCAAGGGAGCTCTTGATGAATTAGATATTGTTGAAAAACTTGATCTGGAAAGACTTGTAAACCAACAGCGGTGTCCCACTATGGTGGAGACATGTTCAGCCACAATAATGAAGAATTCCAAACGAAAACTTGATCCTGCTATTCAAATGGCTATAAGTCTGTCCTTCTTTTTAATTGTTGCAATTATTCTATGTTTCTGTCCCATTTATTTTATATT 3 2 3' arm Laupala_kohalensis mirnest 100 100 -28.8 ...((....)).(((((((((((((((((((.....(((((((..((..((....)).)).)))))))...)))))))))))))))))))........... (-28.8)