mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGGGAGAGAGGGTGGTGTTG ACACTACCCTCCATATTGAG GGTCACGTACAGTCGAGCACTGACACTACCCTCCATATTGAGGACGAAGAGGGGAGAGAGGGTGGTGTTGGGCTGGATGGCGTAGGCCG AAAATAAACATTTAAAATAGCTTTATTGTGATTTGTTTAATTATACAAATATATTAATTATAAATTGGACAAAAGTGGAATACTGCAATGATTGAAAGATATTTAAGAGTGGTGTATTGCTATGTGTAATACATTTAGATTTTTAAATGTTAATTGCATGTCTCATTGGTTTGATTTGCTTGTTGATTTGTGATGAGATTTACATGGCACTTATCCTGTGAACTGAACGTCTGTCCCAATCAGCATGTAGTCCTTCAGGACCTGCAGCTGAGTGTTGACAAGGTTCATCTTTCCAATAGAGGGAAGGGGAAAACCCTTCTCTAGGCGAGCATTGACCATTGGTATCACAGCCACTTTCAGGACCATCAGGAAGATGTTGTCAAGAGATCGAACCTGAAACTGTCCCACATAACTCGTTTCCAGAGTCATCTCAATTTTGTTCAGAGTGACAGCCCCGGCCAACTTCACCCCGGTCACGTACAGTCGAGCACTGACACTACCCTCCATATTGAGGACGAAGAGGGGAGAGAGGGTGGTGTTGGGCTGGATGGCGTAGGCCGTCACGCTGCCACTGGCCTGGACAGTCACGTTGTTGGGCTCAAAGAAGATGGTGGGCTCTTTCACCGTCTTCACCAGCAGCTTCATCATCATGCTAGGGAAATGCTTGGCTATCTCT 5 1 3' arm Oncorhynchus_tshawytscha mirnest 100 100 -36.3 ((((((((...(((.(((.((((((((((((((....((...........)).....))))))))))))))))).))).)))).)))). (-36.3)