mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATTGCATTGATTTGTATTTT ACTACAAAAATGCAAAACA CGAGGGAATTTAATTGCATTGATTTGTATTTTACAATATCTTTTAACTACAAAAATGCAAAACACTTCAGTA GACGAGGGAATTTAATTGCATTGATTTGTATTTTACAATATCTTTTAACTACAAAAATGCAAAACACTTCAGTATCTTTGATACAAAATATGAATACATTTTCATCAAACCTATCAAATACAAATTACAAAATACTTTTTGTATTTCAAGTACGTATTTTAAATACATGTTTCATAAATACTGCCCATCCTTCCATATAATGTTGATCCAAATGGGGCCAAATGAACAATGAATCACCTGACCTACCATCACCTAATCCTAATTAATATATTACTGATGAAATTCTGCAATTAAAGAATAGTTTCGTAAAAATGCCACAATTTCATGTCATAAATAAAAAATTTGAAAAAAGCATTTGAAAAAAAAGATTTGAATTGTTGAATAGTACATCCACACAGTAACATCTTGCAACACATGTAAGGCTGGTATTTTTAAGTACTAGTTCACTTGTGTGTGATGGCTACCTCACACATCCTGTGTCTGTTTGGATCATTGGCTACGCATGTGTTTATTATTGCTATGTCCAACATGGAGTATTTAGAGGCAGTATGGCAGAAAGTTTTGATGACAAGATGAAAGACCACAGCTATATTCCAATTCAGGGGCTGCATCCTTCAGAGGATTCAGTCTATGACGATGTCAACACCTTTTCAGTTTGGCCCTTGTAGACTCCAAAAGTATGTAAACTCCATCTGATGGGCATCTTTCCAGCTCTCTTAACACAGCAAACAAATTATATAATTTGTACTAAAAATGTCTTCCAGTTGTCTTCGAGGGGACATAACTCCAAATGTCATTCCTCTGAGTATTGTTCATTCTCCGCTTCCTCTGAGATCAAGGAGTTTTCTTGACTTATGGCAATATCAGCCGTTGGGATGGGCGGCAATCTGCT 4 2 5' arm Paralichthys_olivaceus mirnest 100 100 -11.2 .((((........(((((((..((((((.((.............)).)))))))))))))....)))).... (-11.2)