mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAGAGATGGCTCTGAACTC TCAGTGCCATCTGTCCAGT AAACTGCAATTTTGAAATCTGATCAGTGCCATCTGTCCAGTTTGTACCTGGACCATATTTGGTTAAGAAGGGAAGCTGGAGAGATGGCTCTGAACTCTGACCTCAGAATGTTTCAG GCACGAGGGTGGTAACCTACCATGACATCACCCACTGGTTTTTGAAACTGCAATTTTGAAATCTGATCAGTGCCATCTGTCCAGTTTGTACCTGGACCATATTTGGTTAAGAAGGGAAGCTGGAGAGATGGCTCTGAACTCTGACCTCAGAATGTTTCAGTTGTCTGTTGTTCATAGTGGCCCCCAGTGTCAGTATGTCAAGGTTCAGACGATTTGACTGTAGAATTTTTCAGAAAATTAAATCAAAAGTTGGCTACTTTTCCATTGTAGCACTCATAGCTAGCTCATATTACTTATTGTTAAGTGGTACTATTCTGTCTGTTGTTTTTCAGTTTCACATAGCATGGGGTTGTAACTGCTAAGGTGAGCACTGTACTGGAATTGACTTTACATTTTTAACAATGAGTCCTTTTCCATTGCTTACAGTTATAGCCCTATGCTACTTAAGTACATGCACCAGTGTCCCCCCAGAAAATGTCTTTATCTAACTATGTTTATTCACTTTTTTACCAACTGCCATCATGATGAATTCCAT 2 2 3' arm Paralichthys_olivaceus mirnest 100 100 -40.9 ...(((..(((((((..((.((((((.(((((((.((((((((...(((.(((((....)))))....))).)))))))).))))))).))))..)).))..)))))))....))) (-40.9)