mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCTCTTCTCCTGCCTCCCAT GGGCAGACAGGAGAAGAGGACG AGGGCTAGAACATTGCAAACAGGGGCAGACAGGAGAAGAGGACGGGTATTGTCTGCTGGGGGACTCTGGTCTCTTTTCCGCAGCAGGGTGCTAGAACAACTTACCTGGTCCTCTTCTCCTGCCTCCCATTCTCTGCCAGCCTCCACAT GCACGAGGCTGCCCCAGCACCCCCTCTCCCTGTGTTAGTAGTGTGTAGAGGAAAACTGATTATATTATGGATAAATAAAGTGTATAGTCGTGTTTTTCTTAGTGCTCTCAGCAGCAGACTTCTAGGGTACTCTCTTTTTGTGCATGTACCAACTCTTTGGTGATGAGGTCTCCTCAAGCACATGTCTCCTTGTTTGCACTGTTTCTAATCTGACTGTTGGGTAAAGGATGATTTGTGGAAAGAATGAGGGAGACAAAGAGAAGGGCTAGAACATTGCAAACAGGGGCAGACAGGAGAAGAGGACGGGTATTGTCTGCTGGGGGACTCTGGTCTCTTTTCCGCAGCAGGGTGCTAGAACAACTTACCTGGTCCTCTTCTCCTGCCTCCCATTCTCTGCCAGCCTCCACATGTAGAAATAAGAGTGTCAGTCTCTGCTCATGAAGGCAGAGGATGGACTTTCTGTTCCTGCATGTGTCTGCATGAGTGCCGGCTCTGATCACCACTGCGAATTGTATACAATCCATACAATACATTGATTTGCGATTACCATATTAATCACTGCTGTCATTTGTCATGTGAGGTCTCTTTTTCTTCCAAATAAGTTTCATTCACAGGATTTTTTTCTTTTCAAACTGTGGATGACATGGAGATGGGGGGATGAATCAGACATTTAAAGAAATATTTTTTTCTACTGAAATGTGATGCTACTGACTCGTTCTGGCACCAAAGTTTGATCCTATGTAGATGCTCTTTTCCTAACAAGCATTAAACCTCACCTGTTTTTGTGGTGTTCAAATTGGTTTCATCTAATTATTTAAAGCCAAAGCTTGAGAGCTCAATGATGGTGTCAGATACTTTTTTAGTAGTGGCTCATTTTTTAACATAGGACCTTTTTATGGCAAAGGTCCATCAAGGTTTGTAATGGTCTCTAAAACCAAAAATTCTCAAAGTGTGAAAATTATTTTTTAAAAAG 3 1 3' arm Paralichthys_olivaceus mirnest 100 100 -53.3 .(((((........(((.....(((.((.(((((((((((((((((((..((((((((((((((....))))))......)))))).((......)).)).))))).)))))))))))))).)))))......))).)))))...... (-53.3)