mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTTTCCTTGCAGAGAGTTAG AATGATCTGCAGCATGGACAAT AATATTTGCAACTAAAAGCAAACAGATAAGTTAATGATCTGCAGCATGGACAATGTAAATCATTTGTAAGCACAACATCTTGGTTAAGAAACAGTTATTGACATGTTGTGAAATGAGTTTCCTTGTTTCCTTGCAGAGAGTTAGATGAGAAGGTTGAAGCCACTCATGTCTGT ATGAGCTGACAGGAGTCACCAACAGAGTCAAAGAATCCCAAAAGACCTAACTCAGTCAAACTCTGCAAAGATGAAGACTCTCACCGTTGCAGTCGCAGTGGCCGTCGTGCTCGCCTTCATTTGGATTCAGGAGAGCGCTGCCACATTCCACGGGGCACAACAGCCGGAGGAGGCGGTGAGCAATGAGGATCCAGCTGCTGATCCTCAGGAGACACCGGTGGACTAGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTTCTCTGTATTTAATATATAACAAAGCATGTGTTACACATTACAGTACAAGTGGACTGCCTCTGTTCTTGTAGACACATGTTTGTGTCTCCAGTCTTTTCTGAACGCAACATGACATCTTTTCAGTGTTAAACTCGATGCTTATGACACATTAAAGGTCACCTATTGGTGTCAAGCTGTGGCACGCACACACACATGCACACAAACAAGTCTAAAGTAATGCAGTGACATTTTTTTTTGATTTGGTCCATAATAAACAATATTTGCAACTAAAAGCAAACAGATAAGTTAATGATCTGCAGCATGGACAATGTAAATCATTTGTAAGCACAACATCTTGGTTAAGAAACAGTTATTGACATGTTGTGAAATGAGTTTCCTTGTTTCCTTGCAGAGAGTTAGATGAGAAGGTTGAAGCCACTCATGTCTGTATGCTAAATATGAAGCTAGAGTCAGCAGGTGGCTAGCTTAGCTTAGCACAAAGAGCGGAACCAGATGGAAACAGCTAGCCTGATTTCTAGATCCACGAAT 4 1 3' arm Psetta_maxima mirnest 100 100 -38.5 .....((((........))))(((((((..(((((..(((((((...((((((...((.((((((.....((((((((....(((((.((....)).))))))))))))))))))).))...))))))..)))))))..))))).((((..(((....))).))))))))))) (-38.5)