mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTAAACTCTAATGGGCGTC GACTCATTGGACCTTTAAAAAG GACTCATTGGACCTTTAAAAAGGAAAATAAACCAATTCTTTTTTAAACTCTAATGGGCGTCCGCAACTTT GACTCATTGGACCTTTAAAAAGGAAAATAAACCAATTCTTTTTTAAACTCTAATGGGCGTCCGCAACTTTCGCAGCACCAATATATCTACTTTAAGTCAACAAAAAACAAATGCTGATAATATTCAATTTATGTATATTGTGTTAGAACTTGCTGGAATTAATTTGTTAAATTATTTTAATAAAATGATCGAAGCAAATTATAATCAAAATGTTGTTCTTATAAATATATTAATTTGTTCTGCTCAAGCTTTAAAACAATTTCATAATCATGGAATTCACATGGACATTAAAGCAACTAATTTTGTTATCCCACATAATCATAATTTAGCTATTCCATTGGTTTCCTGTAAATTGATAGATTTTGGTACATCAATTATTACAAATAATAATCAAATAACTATAAATCGACAACATTTTGGTGGAACATTAATTTACATGGCACCAGAAATGGATAATCAAAATCCTCCTCATGCATCTCGCAAGTCTGATATTTATTCATTCGGTGTAATGATATACAAATATTTATATAGCCCCAATGATGATATTTCAGAATTAAATATTAGATTAATTAGA 5 1 3' arm Meloidogyne_chitwoodi mirnest 100 100 -17 ..(((((((((..((((((((((((..........)))))))))))).)))))))))............. (-17)