mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATCCCTGTTTGGTCTCTTA GTGGACTTGGGCAGGAATGTAC TTAAGAATGCAAAGAGAAGGGAGTGGACTTGGGCAGGAATGTACTTTAAAAGTGATATGAATGACCTCAATAAACATGGAAGGATATCCCTGTTTGGTCTCTTACTCTTCTTATGCACTGAAA CCCTCGAGGGCCGAGGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAAATATGCATTTTATAAAGATAAATTATTGATCACACTAGTTTCAACAAGTCACTGCCCATGTAACCATCTGCCAAAGGGTCCTCGTACAGGGGTCGTCATTGACACATGGTTCATCTTGAAATCCAGGCTTGATAATTCAAAGACAACATATTTCAAATTCTGATCCCTTCAGTCTTGTTATTGTAATAGAAATTAAGAGACCTAAAATTCAAAGATGAGTTTGAGAAAATGTGATCTTTCTCGTGAGCTCTTTGAGGTACAGATGCGCCACCCTGCAGCTGCTGGTGTAGAAGAAGGCATGGAAGGCTTAAGAATGCAAAGAGAAGGGAGTGGACTTGGGCAGGAATGTACTTTAAAAGTGATATGAATGACCTCAATAAACATGGAAGGATATCCCTGTTTGGTCTCTTACTCTTCTTATGCACTGAAATTCATAATGAACTAATGAGGTAGACAAAGCCATAGTAGTTAAGAAATCACTCGGTAACCTATTAGAATCAATTAAAGTGAAACAAAATTTCTACAAAGGCTGATGCAATTCTTTTTCTATAAATTATAAATAATGCACACTTTTATCCATTCACGTCGGATGATCACCTGATTGACCCACAATGTTTAATTTTCTTTCAGGTAGGATAGAGGCATCATTTTCCATTGTTTTATCTTTTGGATTAGATGTGTGGTCTCTACGAGCTTTGCTGTGATCAAATCTTAAATAAGAAAATATAGTATCTACGACTAATGATATCATATTGTCAAATAAAACTCTGTATTTAGCGGGCATAAAGTAAAAGTTTATAGCAAGAGCTGGCGACCAAAAGACAATATCAGTTAAAAACATAAGAACACCAGTGTCCATGAACTCCTCTTTAAGCAATTCTAAACCTTGCTG 3 1 3' arm Lymnaea_stagnalis mirnest 100 100 -29.4 .......((((..((((((((((.(((((.(((((((.((((.((((....(((...(((......))).....))).)))).)))).)))))))))))).)).)))))))).))))...... (-29.4)