mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCATTGATTTTGATAAT TATCAGTATCAGTTATCATATA TTATTTAAATAGTTATGTTTTTATGGCATTGATTTTGATAATTTAAGATAAGATATCAGTATCAGTTATCATATATATATCAATATCCTTCCA TAGTTAACGGGGGGGCTGCCATGATTGTTTTGTTTACGTCCGAAAGTAATTAATACTACTAATACTAATACGTTATAAGTTATAAGTAATGGTAGTAATGAAAAATTAAGGCTAAATCCGAGGACGAGTGCCACGGCGTCTTTTGTGTGTTTATTATAGTTGCAGTGAATTAGGGTTTAGGTTAGGCTGAGGGATCGATTTAGGGTTCAGGTTAGGCATAGCGGCATAGATCAGATAGTTCAGATAGTAGATAGGGATCGATTTACGTTTAGGGATACAATCGTCTGTCAAGAGTGAAATTCGATAAAATAGTGGTAGGCGTCCCCATTGTTTACCAAAATTAATATTTGTACAGAAGGGGTAGGTTATATTTTAACCAAAAACTCTTTCGGACTAAGACCCAGCTTTCAATTTAATTTTTAGCATTAAAATTTCAGACTAGGACTAGACTAGAGTCTAGAGCTTATAATTTATAATATTTTTAAACTTTTTAATGCACCACCACTTGAGCGTCGGCTACGAAAAAATGCGGTTTTCCTGTTTAAAGTTTTATTTAAATAGTTATGTTTTTATGGCATTGATTTTGATAATTTAAGATAAGATATCAGTATCAGTTATCATATATATATCAATATCCTTCCAGGCTGACAGCTTTGATCAGTAAACTAGGGTGACGAAATCATGAACTGGAAAAAACTGGACACTTTCATGGACAGTTT 3 1 5' arm Lymnaea_stagnalis mirnest 100 100 -15.3 .............(((((...(((((.((((((.((((((.((((...)))).)))))).))))))..))))).))))).............. (-15.3)