mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTGTTTTTTATTTTT AAATAAACAACTATAAAAAAAAT CAATACAGCATTTTGTGTTGTTTTTTATTTTTAATGTTTAAATGAAAAAAAAAACACCTTCAATAGTTCAATTGTAAATGGAAATAAACAACTATAAAAAAAATATGTGTAT CCCCCTCGAGGGCCGAGGCGGCCTTTTTTTTTTTTTTGCTAAATTNTGGGTTTGTAAAAACTTGAGTATTTCATGAACTGATCCCTTTGTATTTCCATTACTAAATCATTTTCTTGAACTCACACAGATGAGGTATGTGTTACATGGACTATATGGCTTTACTTAAAATACAATGAAAACTTGGGGGGAAAAAAAGTATTTGTTTTAAACTTATCTGCCTCTTTTGGACAATATGTATTGCTATCATTGAATTGTTTTAACATACATACATAGATGTTGTCAGAATTTAATGGTACTTCACCATCGCAAGAATTTACAACACAATACAGCATTTTGTGTTGTTTTTTATTTTTAATGTTTAAATGAAAAAAAAAACACCTTCAATAGTTCAATTGTAAATGGAAATAAACAACTATAAAAAAAATATGTGTATAAATTAAGAGGTAATGAGAACCATTAACCATGTAAAGGAATTAATAATCATTTCAATCTGTGCTTTACAGCATGTATGTGAGTATATTGATTAACACATACACACTGACACATTTAAATATAACATAGGAAAAAGCATTGAGAATTAAGTATACTATTCTAAAGTTCCATGAAAAAAATCAATTTTCAAAATGATATCAGCAGATTATGTTGAATAAAATATTTGACTTAAATATGATTATTTGGGGTTGGGAAGAGGGAAAGGAAAAACAAATTTGTATAGCAAAAAAAGCTTTCTGCTTAACTTGACCACATGTTCAAATTTAAGAGTTACATATAATTTATTGAAACTGTTTCAAGAGAAACATATACAAAATCTTGGTTCAAATATCCAGCAACTGATCCTGTTACAATAAAAATTATTATAAGATAAAAATTTATAAGGTAAATTTTTGGTTGGTTATTTGTC 3 2 5' arm Lymnaea_stagnalis mirnest 100 100 -16.7 ..(((((..(((((.(((.(((.((((((((((.....(((.((((....................)))).)))....)))))))))).))).)))...))))).))))).. (-16.7)