mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACGCACACATACACAC GTGAGAATGTGTGCATGTGTGTG CTGTGTGAGAATGTGTGCATGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTTTTGTGCATGTTAGCAGGCTGACAGACCTGTTCCAAACAGGTGTGTATCGCCTGTAAACAGAATTTATTTTGCAGCACACGTGCTGACGCAGACACACACTGATATTGAAACCAGAAGCTGAACTCTGTCTCAAGCTCAGCACACGCACGCACACATACACACACAC ACCTGAGGGACGTCATCGTCCAGCACCAGTGCGTCCCTTTCCGTCGCTACAACGGCGGCGTCGGCAGGTGTGCCCAGGCCAAACAGTTCGGCTGGACTCAGGGACGCTGGCCCAAGAAGAGCGCCGAGTTCCTCCTGCACATGCTGAAGAACGCCGAGAGCAACGCTGAGCTCAAGGGTCTGGACGTGGACTCTCTGGTCATCGAGCACATCCAGGTCAACAAGGCTCCCAAGATGAGGAGGCGTACGTACATGCATACTGTGTGAGAATGTGTGCATGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTTTTGTGCATGTTAGCAGGCTGACAGACCTGTTCCAAACAGGTGTGTATCGCCTGTAAACAGAATTTATTTTGCAGCACACGTGCTGACGCAGACACACACTGATATTGAAACCAGAAGCTGAACTCTGTCTCAAGCTCAGCACACGCACGCACACATACACACACACGT 2 2 3' arm Lates_calcarifer mirnest 100 100 -81.4 .((((((...((((((((.(((((((((((((((.((((((.(((((.((((.((((((..(((.(((((((...))))))).)))...)))))).))))(((....)))....)))))......)))))).))))))..(((..((((.((.(((........))))).))))..)))))))))))).)))))))).))))))... (-81.4)