mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAACTGAATTTAATTCTTA AGAATTATCTCAGTTAATTT CCATTGTTCAAAAGAATTATCTCAGTTAATTTTCTTTGTTCTTTTTAAAGCATCCAATCATGAAATTGTAGACAAAAAACTGAATTTAATTCTTAGGCATTCAT ATTCCTTTACAATGGTAGCTTTGCTATTCATTCTTTTATTTTTGATGCATCATAATCAAAACCCGTCTTCCCCAACGAACCTCATGGAAGTAAATAAATGCATATACGTCGGCATGTTAAACAGGGCCCAGTTGTTCGAAAGTCGATTAGCTCTAACCCGGGTTAAAATATAATCTGGGTTTCCTTTTCCATTGTTCAAAAGAATTATCTCAGTTAATTTTCTTTGTTCTTTTTAAAGCATCCAATCATGAAATTGTAGACAAAAAACTGAATTTAATTCTTAGGCATTCATATTTGAAATCAAATTCGCTTTAACCCTGGGTTATCTGAACCCATACAGGTTTGAACAACTCGGTCCTCGAATTAAAAAACGTAGCATGAAACGATTCTAGACAACTGACACTTTTTCTGTAACCAACAGTTCTTCTCCGATGGACAGCAACACTTCAGTCCTTTCTGGTTGTTGTTTTACAAATGCCATAAGTGATGTAATCAATGTCCCCGCTATCATCACTGCGCCCGTGGTGTAAAACGTAGGATTATAAGAACCAAGTCTGTCGGCCATAAAACCAGCAAGGGGTGGTCCTATAGAAACAGACATGCCAATAAAACACTGCATCACACCCCAAGCCTGATTGATCTTGTGTCTTCCCACGCATTCCAAAACGAGCAGAGTCAATTGCCCTAACATGGCGCCTTCCATAAGTCCAA 5 1 3' arm Porites_astreoides mirnest 100 100 -14.3 ....((((...((((((((..((((((..((.(((.((....(((((.............))))).)).))).))..))))))...)))))))).))))..... (-14.3)