mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGCTGCTGCTGATGATACT TGTAATCAGGGTAGCCACCA AGCCTGTGTTCCTTGCATTCTGTTGTAATCAGGGTAGCCACCAGTTGCTGCTGCTGCTGATGATACTGGAACTTGCTGTGCACCAGT TGTCTAAAAAAAGAGCCCTCTGCCCGCTGAGTCAATTAAAGGCTGTATGAATTAAGGACTATCAGCTTTCGTGACCAGAAAAATCTTCCGCAAACGCAATTTGTGTAGGCGTTTTGATCAATTTACAAGCAACAACCTGCATCTGTAAATCTAGGGCTTCATGAAACTGAATATTAAAACTAGTTTGCGGTAATTTACAATAAATTAACTGGATGAAATAAAATGAGATCTTGAACAAAACACTTCCGTCTTTTCTGACTCCTTACTTAGCCCCGACATTTTACAAACTGCTGCTGTAACCCATTGTCTAACCAACACAAGGAAACTAAAAAACGAGCTTTCTATGCTACGAAGTTGTGGCTCTAAAAAGTCAAATGCGTGCTAACCCATCCTTGCATACTCCAGTACTGCTGTTGACTATGCGGACAAGGCTATCGGCCGTAGGGATGAAATCCCCGGGAAGCAGATGAACCCCTCCCAAACGACGCTGTCTCGCCTCCATACCCTGGGGCAGCCCCGGGGTATCCAGTAGGGTCGGTGGATCCGTAGGAACTATAGCTGTTGTCAGAAGGAAAAGAAGAACCTCGGGCGGGTCCATACTGCAGATCTTGCTGTTGGTAGTTACCCAAGCCATATGCTGAGTAGTCTGGTGCCCCTGTGCTATCGACTGGTGGAGCTCCAGGAGCTGCTCCAGGCTGGCCAGCCTGTGTTCCTTGCATTCTGTTGTAATCAGGGTAGCCACCAGTTGCTGCTGCTGCTGATGATACTGGAACTTGCTGTGCACCAGTCATTCCATACCCAGCTCCATATCCTGGAGCAGCTCCTCTTGAATACATGGCTGCTAC 5 1 3' arm Porites_astreoides mirnest 100 100 -21.8 .....((((.....((((((((.(((.(((((((((((...........)))))).))))).))).)))))..)))...)))).... (-21.8)