mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGGGGCTGGGTGGGGAGGGT CATTTCCTATTCACTCCTTTG CAGGCTGTTATCTTCTGGAGTGAGACCACAGCTAGTGGTGCTGGGGGCTGGGTGGGGAGGGTTCCGGTGTGCCAGGGATGTGGACAAAACCAAGTATGATGTCACTGTGGTGTCACCAAGGAACCATTTCCTATTCACTCCTTTGCTTCCTTCCACCACTGTGGGCACTTTGGAGTTCAGATG ATGAGAGTTACACTTACAGGCTACAGATGGCTGGTAGCTGCAGATTGGTGACAGTGAGGGTTTCTTACCCAACAATATGGAGCCAGAGGAGGATTGTGACCCAGCCCGGCCTGTCATCTCTTCACATCAGGCTGTTATCTTCTGGAGTGAGACCACAGCTAGTGGTGCTGGGGGCTGGGTGGGGAGGGTTCCGGTGTGCCAGGGATGTGGACAAAACCAAGTATGATGTCACTGTGGTGTCACCAAGGAACCATTTCCTATTCACTCCTTTGCTTCCTTCCACCACTGTGGGCACTTTGGAGTTCAGATGTGTGCAAGAGCCAGTCAGGACGATTAAGGGGGTCAAGTATGTGCAGGCTTCAGCCAGGGACATTGACTTTAGCAGCAATGAGGTGCTCTGTGTTGACTTGTATGAACACTTGGAGAATGGGGTGAAGCAGCCAAGGAAGGAGTTCAAGATTAAATATGACAAGCTGGTGCTGGGCATGGGGACCAAGTCTAACACCTTTGGTGTGCCTGGGATAGCCAGCACAGAGGAGGACTTGGACCACAGCAAGACAGGCACTAATAGGTAACGCTGGTCAACTAATAGTTCTGAACATTTCTTTGCGATCATTT 1 2 5' arm Calanus_finmarchicus mirnest 100 100 -65.8 ....(((.....((((((((((...((((((...((((.((.(((((.((((((((((((((((((((((((((.((.....((((.............)))).)).))))).))))..)))))).))))))))))))))))..))......))))..)))))).))))))))))..)))... (-65.8)