mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTAACAGATCACATCACAG ATGGTAATGTAGAATGTTAATTCA TAAATCATTTCCATGGTAATGTAGAATGTTAATTCAAATGATGCTAACTGATGTGGCTCTTACAATGGAATGTATTTCTTTTGTCATGTCAGTTGAGTTGACTTAACAGATCACATCACAGATTGATGGC AAACATGATAAGTTTATTTTGTCCAACATCCAAACAGAAAAAACGACAGCTGTGCTAAATGTGTGTAAAACTCAAAAGCTACATTAAAAAACCAGGGATGTGTTTAAAATGGCAAGAGAGAGAAAAAGAAAAGAATGAAACACTTGTTTAACCTTGGAAGCCATACATGATCATGACTAAAATAACTGAAATAAATAACCTGTTTTCATCCTTTACTGCTGTCACTCTAAAATAACTACTGAAAAATATGAAGTCATAAAACAGACTAGGAATATTGTCCTGCCTCTTCTGGAAACACTCACTAACGGTCATCAGCCTGAGAAGCCTTTGTTTGGGAGTCCACAATTCACTCTCCTTGCAGGTAATGGGGCTGTGGTCAAGAGCGTGGTTGATCCAACGTTGAGATGTGGTTGATCGATGGTTGCGAGTTGGTTATGGCCATAGAAATAGAATGAATAGAACAGGCTTGGAATCTCTGACCCTGGCAATATGACTGGTAAACTCATGAGTACACTTGTAATGGCTGCCTGTTGATTAAATCATTTCCATGGTAATGTAGAATGTTAATTCAAATGATGCTAACTGATGTGGCTCTTACAATGGAATGTATTTCTTTTGTCATGTCAGTTGAGTTGACTTAACAGATCACATCACAGATTGATGGCACACTTCCTGCTTTTACTTCCTGCTTTGCTCCTTATGGGTACACTCACAATGGCCACCAGTCCACCCATTATGCAATCATTGACTTTAATGGGGATGACCATTCTATTCATTCTATTTCTATGGTTATGGAGCCTCTCACATCACATGTACCTGTTCTTGATATACTCTCTGTACATGAGTATGTC 4 2 3' arm Oncorhynchus_nerka mirnest 100 100 -31 ...((((..((....((.((((.((.((((((.((((.......(((((((((((((.........((((.....))))...)))))))))))))..)))).))))))..)))))).)).)).))))... (-31)