mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACATACACACACACACACAC GTGTGTATGTGTGTGTGCAGATG GGATTTGAACATGACTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCAGATGTTTCTAGGTGGCATTAACGACCAGTGTGTTACTGGGATACACCTTTTGGGAAGTAGCGGTTTTCCAAATAGGGCTGAAATCTTGATGGAAATGATATGTTTTCTTCGCACATACATACACACACACACACACAGATGTACACACTTC GGGGATAGTCGGGGAGGACAGCCCTGTCTTGTCCCTGTCGCCCAGCTCCCTCGGTGGCGCCGAGTGGCACTCCTCCACCCACAACCACCGCCCAAACATCAGGGCCTGCGTCTCGGCCGAAAACCTGCTGCAGCTCGCCAACTTCAAAGGCTTCCAGGCGGCACCGCCGCACCAGGGACCCAAGTTCAGCCGTGGCCCCAAAACGAAAGGCTCCCCGGGGGACAATGGCAGCTTCTCCTTGCTGGGGGACCTGGAGGACATGACTCAGGTGTACCAGCAAGCCCTGGACATCAGCAGCAACCTCACCTAACAGACGGGTGGCACAGAGAGAGGAAGCACAGGGATTTGAACATGACTGTGTGTGTATGTGTGTGTGCAGATGTTTCTAGGTGGCATTAACGACCAGTGTGTTACTGGGATACACCTTTTGGGAAGTAGCGGTTTTCCAAATAGGGCTGAAATCTTGATGGAAATGATATGTTTTCTTCGCACATACATACACACACACACACACAGATGTACACACTTCTCTGGCCAGAGGAAATCCAGTTAGAGGAGCCGGCACGAGAGAATGCCACCCAGTCTGCTTTCTCGGCCCGCCCATAGACTTTGCTGTGTTCAACATGTTTACATATTCAGCAAGAAAGGCAAGTTAGAATCACAAACGCAGCAACCAGAAACTGGTTGGCTCTCCTTGAACGCCACCCGTTTTGAGTTTACAAAAGCACCTTAAAACTCACACAGAGCACATGCTTTTGTGATCTTTACTTCCTTTAT 2 2 3' arm Sebastes_rastrelliger mirnest 100 100 -57.6 .....((.((((..((((((((((.((((((((((...((((.((.(((((..........((((((...))))))....)))))...))((((.((((..((((((..(((((......))))).)))))).....))))..))))..)))).)))))))))).)))))))))))))).))...... (-57.6)